El CEPRODER está organizado en cinco áreas de trabajo. Cada una está conformada por un responsable de dirección y un equipo técnico encargado de llevar adelante programas de investigación, publicaciones, tareas de formación y de capacitación.

A través del AREA DE TRABAJO Y ESTUDIO SOBRE GESTION LOCAL el Centro de Estudios para la Promoción del Desarrollo Local y Regional, CEPRODER, ofrece a los municipios de la región asistencia técnica para mejorar la gestión pública en aspectos que hacen al desarrollo socio-productivo de los mismos, introduciendo elementos de producción, manejo e interpretación de la información, nuevas metodologías y herramientas de gestión pública que involucren una equilibrada participación de la población y las reales potencialidades locales, en base a la capacitación de los recursos humanos pertenecientes a la comunidad. La propuesta de intervención implica que, una vez finalizada, los municipios se encuentran en condiciones de aplicar las herramientas desarrolladas sin la necesidad de contar con apoyo externo. Es decir que las administraciones locales estarán fortalecidas en la posibilidad de construir y ejecutar políticas públicas.

La política social debe y tiene que adaptarse a las características particulares de los gobiernos y las poblaciones locales. Desde el AREA DE TRABAJO las tareas de investigación y el desarrollo de acciones de capacitación están orientados a resolver problemáticas particulares pero sin perder aspectos que muchas veces tienen que ver con territorios más grandes como es el caso de una región.

Desde el AREA SOCIEDAD, ESTADO Y EMPRESA se busca implementar mecanismos para la concreción de alianzas estratégicas entre organizaciones de la sociedad civil y el sector empresario; crear espacios donde se produzca el encuentro entre las necesidades de las organizaciones de la sociedad civil y el financiamiento empresario para las actividades realizadas por las primeras; diseñar, monitorear y evaluar proyectos gerenciados por organizaciones de la sociedad civil y financiados por el sector empresario y capacitar a miembros de organizaciones de la sociedad civil y del sector empresario para responder de manera eficiente a los objetivos del programa.